我們既然知道基督教信仰與科學是密不可分的，並且知道基督教信仰是遠超科學的，但為什麼許多科學家仍不接受基督教信仰呢？主要是因為他們在一些相關性的觀點上仍模糊不清。以下我們將反思這些觀點，並予以澄清：
一、拿出證據來：
這是實證主義的理論，也就是把感官經驗與邏輯推理當作檢驗一切真理的依據，但是：
1.人的感官和推理智慧都有限，並且證明者必須智慧大於或等於被證明者，
而上帝是無限的，我們人如何能證明上帝呢？
2.邏輯推理只是一種手段或工具，它必須有前提的存在才能使用，如果所設
立的前提都不存在或不被接受時，那麼邏輯推理就不成立了。
3.科學研究並非只是數據或資料的歸納而已，有時也是基於假設推導而出的
，例如，愛因斯坦的狹義相對論即基於︰
1)在任何慣性系統，光速是恆定不變的。
2)所有物理定律在任何慣性系統都是一樣的。他從這兩個假設發表了相對論，並非依據數據歸納而得出結果。
4.科學是建立在兩個假設前提下進行的︰
1)宇宙是有規律的。
2)人只能認識這規律。所以，如果要證明了才相信，而科學本身就是基於假設來研究發現的，那麼科學就不值得相信。
二、科學與神蹟：
1.很多科學家認為神蹟是不可能發生的，所以拒絕基督教信仰。
2.一群自由派神學家為迎合科學而企圖化解聖經中的神蹟：
如耶穌履海，他們解釋為耶穌在對岸的海邊沙灘行走；五餅二魚，他們解釋為，因小孩拿出了五餅二魚而感動了眾人把自己的食物都奉獻出來而超過了所需。
3.相信上帝，卻不相信神蹟：
這是很大的矛盾，因為大自然和人都是神蹟，只因我們已習慣了而不自知。在我們接受耶穌為我們的救贖主時，聖靈住在我們心中，改變我們的心靈就是一大神蹟。在馬可福音十六章17節記載︰“信的人必有神蹟隨著他們”就是一個見證。
4.神蹟不會推倒科學：
因為科學研究的前提是自然定律的永恆，而神蹟的發生有時空的限制，如以水變酒、拉撒路的死而復活－－但拉撒路還是要死的，即自然定律仍照常運作，神蹟是上帝藉著聖靈進入人體所做超自然的行為，但並不違背自然定律，與科學並不矛盾。
三、科學與三一上帝：
1.有人反對通過大自然去論證上帝的存在，但這論證是有聖經依據的，在羅馬書一19~21就明明地記載：“自從造天地以來，上帝的永能和神性是明明可知的，雖然眼不能見，但藉著所造之物，就可以曉得，叫人無可推諉”。上帝在創造萬物的同時，也證明了上帝的存在。
2.現代科學遠離了上帝和科學最初的目的，早期的幾個著名的大學都是以神學院開始的，因著研究上帝的啟示與神蹟，而逐漸發展成科學研究，而現在他們專心於科學研究卻遠離了上帝，因為他們重視實證，但上帝與靈界的事是不能以實驗數據來證明的。
3.科學研究是不斷地去發現已存在的自然規律，這規律是上帝所創造且托住的，人們因發現自然規律而自高自大、不信上帝，是錯誤的。
羅馬書一21、25中記載：“因為他們雖然知道上帝，卻不當作上帝榮耀祂，也不感謝祂。他們的思念變為虛妄，無知的心就昏暗了。”
“他們將上帝的真實變為虛謊，去敬拜事奉受造之物，不敬奉那造物的主。主乃是可稱頌的，直到永遠。阿門。”
因此我們應該藉由科學研究的過程與發現的結果來認識上帝，榮耀上帝。
四、信心與理性：
理性是人通過推理分析，確定人們對外界事物的態度；信心是人對外界事物的接受、依靠的心態和行為；基督教的信心是對未見之事，如上帝的創造天地、應許耶穌基督的再來等的接受和相信的態度。
1.基督教的信心不排斥理性，理性是基督教信心的基礎。因為上帝的存在、聖經是上帝的默示、耶穌的復活等都是可以用理性思辨的。
2.我們在日常生活中若沒有信心會寸步難行。例如：你吃東西要相信它能使你滿足食慾並增長體力；你住房子要相信它是堅固的，能為你遮風避雨。
3.人因為悖逆上帝而墮落後，人的理性被扭曲了，尤其在思考上帝的事蹟時常以不理性的態度否定上帝的啟示，也因著不理性使我們對上帝的信心削弱，如彼得履海；起初當他看到主耶穌在海上行走時，他的信心很大，也要求與主一同行走，但當他真正踏在海上時，他的理性告訴他“這怎麼可能呢？”因信心的動搖，使他跌入海中而呼求耶穌相救。主對他說：“你這小信的人呀!” 可見理性阻礙了信心。
4.人的理性是有限的，因此我們要在理性的基礎上憑信心的引導來認識上帝。
五、靈性與理性：
上帝在創造人的時候，造好了，對著人吹了一口氣，就使人成為有靈性的人。因此我們知道︰
1.人除了感性、理性之外還有靈性，也就是對上帝和靈界的直覺和頓悟。
2.理性是要看見了才信，靈性是相信了就必看見。
哥林多前書二10~11中記載：“只有上帝藉著聖靈向我們顯明了，因為聖靈參透萬事，就是上帝深奧的事也參透了。除了在人裡頭的靈，誰知道人的事？像這樣，除了上帝的靈，也沒有人知道上帝的事。”所以，我們明白凡屬上帝的人，聖靈才住在他心裡，使他明白上帝的事。
六、結論：
1.上帝提供了科學的兩個前提，使科學成為可能：
1)上帝創造並維護著宇宙及其規律。在希伯來書一3中記載：他權能的命令托住萬有，使一切的定律不變。
2)洪水之後，上帝與挪亞立約，應許在基督再來以前維持著自然界一切的定律。在創世記八21~22有明確的記載。
3)人墮落後，拒絕相信上帝是宇宙的主宰，而要求實證，殊不知因上帝的恩典，科學才得以產生。
2.上帝創造並維持自然規律，科學只認識自然規律。
上帝是超越宇宙的，所以基督教信仰超越科學，通過科學研究使人更認識上帝的大能而謙卑自己、榮耀上帝。
3.宇宙是上帝的普通啟示。
人們可以藉著宇宙知道上帝的存在，但上帝是遠超過科學的。因此人應該在科學基礎上，藉著上帝的特殊啟示(聖經)，並用心靈和誠實，憑著信心來認識上帝。
4.“敬畏耶和華是知識的開端”(箴言一7)。
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