教牧諮商輔導是由牧師或神職人員以基督教的信仰為基礎，融合了現代心理學的知識以及助人的技巧，向心理、精神與靈性上有需要的人所提供的關懷與協助。
教牧諮商輔導的存在歷史久遠，早在現代心理學的產生之前就有了。［聖經］中不乏彼此鼓勵、支持、勸誡、安慰的例子，而耶穌基督就是被稱為奇妙的輔導者（中譯本［聖經］翻譯為「奇妙的策士」），向身、心、靈有需要的人提供醫治的幫助。
現代的教牧諮詢輔導起源於一九二○年代，創始者首推鮑伊森(Antor T. Boisen)。他首先注意到需要向神學院的學生提供輔導、臨床方面的訓練課程，使這些學生能夠有能力在未來處理人的心理問題，於是在美國麻州的渥斯特州立醫院(Worcester State Hospital)開始了第一個課程。這類課程設立的需要逐漸被愈來愈多的神學院所重視，並且由清教徒基督教的背景擴展到猶太教、羅馬天主教的神學院都開始設立；這樣的課程稱之為臨床教牧教育(Clinical Pastoral Education, CPE)。
CPE的課程普遍設在神學院，以結合基督教信仰與心理學為取向，神學生學習透過晤談的方式，也有的與讀經禱告、鼓勵悔改、加入教會等方式合併使用。所使用的協助方法很多，包括協談、訪視、解決生活的需要等。所處理的問題範圍很廣，包括個人心理與情緒的困難、問題解決、作決定、人際關係的恢復與重建，還包括違犯行為的減除、道德行為的建立、人生意義感的確認、認罪悔改、恢復與上帝和好的關係、抵擋誘感、過聖潔的生活。這些問題的處理，除了可以個別會談的方式進行，也可以用小團體輔導、婚姻家族輔導、自助式團體等各種方式進行之。
提供這些服務的場所也不一定侷限於教會，也可以在不同需要的處所進行，包括學校、醫院、社區中心、軍中、教養院、監獄等。教牧輔導者因為宗教人員的角色，對輔導工作有其有利之處，會比較容易取得求助者的信任以及對其權威形像的接受，較容易發揮輔導者的影響力，但是教牧輔導者中也有很多人沒有接受較完全的輔導學與心理學的訓練，不易處理較為複雜的情緒、心理與精神上的困難。
為了提高教牧輔導者工作的成效，除了廣設及加深教牧輔導的課程，美國也有教牧輔導員學會(American Association of Pastoral Counselor)的專業組織成立，以及［教牧關懷期刊］(Journal of Pastoral Care)與［教牧輔導期刊］(Journal of
Pastoral Counseling)的出版，以使教牧輔導工作更邁向專業化。
未來教牧輔導的發展趨勢預料得到的是會愈來愈受重視，並且會朝向訓練課程更專精化，提供一般教會人士更多接受心理衛生與助人的知能，增進教牧輔導人員與專業輔導、心理學領域工作者間資訊的流通以及工作經驗的交換、多設立教牧輔導中心成服務機構，形成針對不同需求的對象的有效教牧輔導的工作模式與理論架構等多而發展。對於一個人全人身、心、靈的關注與協助，是使教牧輔導有別於一般心理輔導的重要特色。
